Desventaja de los flojugramas

Diagramas complejos y detallados suelen ser laboriosos en su planteamiento y diseño.
Acciones a seguir tras la salida de un símbolo de decisión, pueden ser difíciles de seguir si existen diferentes caminos
No existen normas fijas para la elaboración de los diagramas de flujo que permitan incluir todos los detalles que el usuario desee introducir.